DEFFs overordnede ledelse varetages af et tværministerielt Koordinationsudvalg repræsenterende Kulturministeriet, Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling samt Undervisningsministeriet. Koordinationsudvalget har den overordnede beslutningskompetence for DEFF projektet som helhed. Udvalget tager overordnede beslutninger vedrørende DEFFs overordnede strategi og udviklingsplan, samt tilhørende budgetramme inklusive delbudgetter for de enkelte indsatsområder.

Udover de ministerielle opdragsgivere deltager formanden for Styregruppen og repræsentanter for DEFF-sekretariatet i Koordinationsudvalgets møder. Koordinationsudvalget består af følgende medlemmer: